Σε μια αίθουσα στον 2ο όροφο του κτιρίου βρίσκεται το Εργαστήριο Φυσικών Επιστημών (Φυσική , Χημεία και Βιολογία) και εξυπηρετεί τις ανάγκες των μαθητών της Α’, Β΄και Γ’ Γυμνασίου.

Η αίθουσα διαθέτει σχολικό εργαστηριακό εξοπλισμό με επιπλέον εξοπλισμό πολυμέσων (Η/Υ, μηχάνημα προβολής, οθόνη, σύνδεση με το διαδίκτυο), ώστε να είναι δυνατή η χρήση τους κατά τη διάρκεια τού μαθήματος, σύμφωνα με τις σύγχρονες μεθόδους διδασκαλίας.Στην αίθουσα υπάρχουν δύο πάγκοι για τον διδάσκοντα και τέσσερεις πάγκοι για τους μαθητές οι οποίοι διαθέτουν παροχή ηλεκτρικού ρεύματος.

Επίσης το εργαστήριο διαθέτει αρκετά όργανα Φυσικής , Χημείας και Βιολογίας καθώς και χημικά αντιδραστήρια και μοντέλα βιολογικών δομών και χημικών μορίων.

 Οι σειρές πειραμάτων πραγματοποιούνται από τους διδάσκοντες Καθηγητές τού Γυμνασίου και συντελούν στην καλύτερη αφομοίωση της διδακτέας ύλης που προβλέπεται από το αναλυτικό πρόγραμμα τού Υ.ΠΟ.ΠΑΙ.Θ.. Οι εργαστηριακές αυτές δραστηριότητες γίνονται είτε με τη μορφή «πειραμάτων επίδειξης» είτε με τη μορφή «μετωπικών πειραμάτων» (δηλαδή πειράματα που γίνονται από ομάδες μαθητών).
Καταβάλλεται συνεχής προσπάθεια για την κάλυψη των ελλείψεων και τον πλήρη εξοπλισμό του εργαστηρίου με χορηγούς το αεροδρόμιο Σπάτων και το Σύλλογο γονέων και κηδεμόνων του σχολείου μας.